Železniční stanice Senec na trati Štúrovo - Bratislava hl. st. (jízdní řád) je v provozu od jejího otevření 18. prosince 1850. Osobními a zrychlenými vlaky jakož i rychlíky má Senec spojení např. s městy Bratislava, Galanta, Nové Zámky, Štúrovo, Komárno, Levice, Zvolen, Banská Bystrica, Malacky, Kúty.
Přes žst. Bratislava hl. st. jsou zabezpečena dobrá spojení i do různých částí České republiky. Železniční stanice je však obyvateli města málo využívaná - nachází se sice jen 20 m od vchodu na Slnečné jazerá - Juh, avšak daleko od sídlisť, jejichž obyvatelé by potřebovali vybudovat zastávku o cca 1 200 m blíže k Bratislavě.
Severním okrajem města přechází dálnice D1 Bratislava - Žilina.
Nedaleko také leží bratislavské Letiště Milana Rastislava Štefánika.
